CARACTERIZAÇÃO GENOTÍPICA E TERRITORIAL DAS CEPAS DE SARS-COV-2 NO ESTADO DA BAHIA.

Resumo

O SARS-CoV-2, causador da COVID-19, pertence à família Coronaviridae. Na Bahia, Nordeste do Brasil, foram registrados 1.841.356 casos até fevereiro de 2024 desde março de 2020. Há poucos estudos locais sobre as cepas do vírus comparados a outras regiões do Brasil. Teve como objetivo conhecer o perfil genético das cepas na Bahia e identificar assinaturas moleculares relacionadas à transmissão e patogenia. Para isso foram recolhidos 4730 genomas completos de SARS-CoV-2 da Bahia, coletados entre março de 2020 e março de 2023, disponíveis no GISAID. As sequências foram alinhadas pelo MAFFT, avaliadas no Bioedit e submetidas a análises filogenéticas pelo IQTree. Sequências com baixa qualidade foram removidas (N=1974). O TreeTime foi usado para otimizar agrupamentos e avaliar alterações no genoma. 1974 amostras foram analisadas de 202 cidades da Bahia. No período, 16 variantes circularam pelo estado, com maior número de amostras de Salvador e cidades próximas. Dentre elas, 49% eram da variante Ômicron, 24% Gamma e 9% Delta. Os 18% restantes representavam outras catorze linhagens. A variante Ômicron e suas subvariantes foram as mais prevalentes desde o final de 2021 até 2023, com mais de 60 mutações de aminoácidos, presentes em todo o estado. A região de clivagem da proteína spike mostrou maior variabilidade. A partir dos dados analisados observa-se que o sucesso da infecção na Bahia seguiu a evolução do Sars-CoV-2, consequência das mutações dos genótipos analisados. A alta transmissibilidade dessas variantes e a grande circulação de pessoas no estado contribuíram para a propagação viral